Di Beppu conosco poco: non ci sono mai stato nonostante mi dicano sia molto bello. A Hiroshima sono famose le ostriche, tipicamente fritte. Ti consiglierei di mangiare e pernottare in un ryokan sulla vicina e incantevole isola di Miyajima: uno dei posto più belli del Giappone. Il livello è piuttosto alto, per cui non dovresti avere brutte sorprese.
Anche a Takayama non sono mai stato. Mentre Kanazawa è una delle mie città preferite con una cucina locale molto buona e raffinata. Purtroppo ho spesso frequentato locali raggiungibili solo in macchina e di cui non ricordo neppure i nomi, ma in ogni caso non dovresti avere problemi a trovarne di ottimi, magari dalle parti del quartiere delle geisha. Famosi sono i dolci di Kanazawa.

Tokyo… il paradiso culinario! Non credo abbia rivali al mondo per qualità e offerta. I ristoranti di Kagurazaka te li consiglio in blocco, sono tutti ottimi (attento però ai prezzi!). a me piace molto lo Shun, ce ne sono quattro a Tokyo, il migliore è a Kagurazaka (Shun Bunke):

http://www.kagurazaka-shun.jp/top.html

Eviterei la zona di Shinjuku per mangiare: offre molto, ma niente di straordinario se vuoi mangiare raffinato (ma direi che è ok per il pranzo). Comunque ci sono molti locali dalle parti di Kabukicho. Ricordati che i ristoranti sono spesso (anzi, di solito) ai piani e non a livello della strada. I migliori comunque difficilmente saranno al piano interrato. È simpatico mangiare nei grandi magazzini, come l’Isetan.
Per una cena tradizionale mi piacciono molto le zone di Shimokitazawa, Koenji e Kichijoji.
Consigliare un piatto è difficile: di solito dipende dal momento e dal ristorante. Chiedi pure consiglio ai camerieri: “osusume wa?”. Ti indicheranno i piatti migliori e non i più costosi.
Molti piccoli ristoranti sono specializzati in pochi piatti, per cui non avrai problemi di scelta.
Quello che dovresti provare assolutamente sono gli Okonomiyaki (l’analogo di una pizza-frittata e te lo cucini tu), a me piace il Sometaro di Asakusa;

http://www.baroccogiapponese.com/blog/?p=140#more-140

mangia anche in un ristorante di soba, magari qui, il più noto, nella zona di Kanda:

http://www.bento.com/rev/1296.html

Per un piatto di pesce, spartano ma ottimo, magari a colazione, vai a Tsukigi, il mercato del pesce, la mattina presto.

A Shibuya ti consiglieri un ristorante di cucina d’Okinawa proprio accanto a questa scuola:

http://www.nichii-gakuin.com/map.html

È uno dei miei preferiti di Tokyo.

Buon divertimento!

Per rispondere a Francesco.
In Giappone direi non ci sono zone da evitare. Il servizio ha standard molto alti e anche gli hotel peggiori sono comunque passabili e puliti. Dipende più dal locale che dalla zona. Posso darti dei consigli se vuoi, ma devi dirmi che tipo di hotel o ristoranti ti piacerebbe frequentare o evitare.

francesco: passo la tua richiesta a baroccogiapponese!

viviana: a chi lo dici

tommaso: vale la pena di seguirlo.

jacopo: vero!

christian: grazie